क्षिप्रा की मुख्य समस्याएं प्रदूषण और उसका संकरा होता जल ग्रहण क्षेत्र है। कुछ दस्तावजों के अनुसार क्षिप्रा की स्थिति 1996 के बाद बिगड़नी शुरू हुई, और ये अभी तक बिगड़ती ही चली आ रही है। बारामासी नदी क्षिप्रा का पानी अब बरसात के 6-8 महीने बाद ही सूख जाता है